辞退已经提出辞职申请的违纪员工存在一定法律风险，具体情况需根据国家和地区的劳动法规来确定。以下是一般情况下的建议：

1. 法律规定：

   - 在一些国家和地区的劳动法中，规定员工提出辞职申请后，雇主通常不能随意解雇员工，除非有正当的理由。违反法律规定辞退员工可能会导致雇主面临劳动法律诉讼和赔偿责任。

2. 考虑因素：

   - 在辞退员工之前，雇主应当考虑以下因素：

     - 辞退员工是否符合法律规定的正当理由，如严重违纪、严重失职等；

     - 辞退员工是否符合公司内部规章制度的规定，是否经过适当的程序和程序；

     - 辞退员工是否会给公司造成不必要的法律风险和声誉损害。

3. 建议：

   - 如果员工已经提出辞职申请，但在辞职生效前被发现有严重违纪行为，雇主可以与法律顾问商讨是否有正当理由辞退员工。

   - 在处理此类情况时，建议雇主严格遵守公司内部规章制度和劳动法规定，确保辞退决定合法合规。

   - 如果辞退员工可能引发法律纠纷，建议寻求法律专业人士的意见和协助，以减少风险并确保合法权益得到保护。

 最终，辞退已经提出辞职申请的员工需要慎重考虑，遵循法律程序和公司规定，以避免引发法律纠纷和争议。

4. 正当理由辞退员工：

   - 在一些情况下，即使员工已经提出辞职申请，雇主仍有权正当理由地辞退员工。这些正当理由可能包括但不限于：

     - 严重违反公司规章制度或纪律；

     - 严重失职或工作表现不符合要求；

     - 经济原因导致的裁员；

     - 公司业务调整或重组。

5. 辞退程序和证据：

   - 在辞退员工时，雇主应当确保遵循公司内部规定的程序，并保留充分的证据支持辞退决定。这包括但不限于：

     - 提前通知员工并进行面谈，说明辞退理由；

     - 记录面谈内容和员工的反馈意见；

     - 收集证据证明员工的违纪行为或失职情况；

     - 确保辞退决定符合公司政策和法律法规。

6. 员工权益保护：

   - 尽管雇主有权正当理由辞退员工，但仍需保护员工的合法权益。在辞退过程中，应当尊重员工的权利，避免歧视和不当对待。

7. 法律风险和建议：

   - 辞退员工涉及法律风险，尤其是在员工已提出辞职申请的情况下。建议雇主在辞退前咨询专业法律顾问，以确保辞退决定合法合规。

   - 雇主应当谨慎处理辞退事务，避免引发法律纠纷和劳动争议，维护公司的声誉和稳定。

最终，辞退已提出辞职申请的违纪员工需要在遵循法律程序和公司规定的前提下进行，以确保合法性和合规性。雇主应当在辞退前仔细考虑各种因素，并寻求专业法律意见以降低法律风险。

8. 协商解决：

   - 在辞退已经提出辞职申请的员工时，雇主也可以考虑与员工协商解决。通过协商可以达成双方都能接受的解决方案，避免法律纠纷和争议的发生。协商解决可能包括：

     - 辞退协议：就双方的权利和义务达成书面协议；

     - 给予补偿：提供一定的经济补偿以换取员工的同意离职；

     - 调整工作条件：协商调整工作条件或待遇，让员工愿意留在公司。

9. 人力资源专业支持：

   - 在处理复杂的员工辞退事宜时，雇主可以寻求人力资源专业支持。人力资源部门可以提供专业意见和指导，帮助雇主合理、合法地处理员工关系问题，减少风险。

10. 员工关系管理：

   - 辞退员工可能会对员工关系产生影响，因此雇主应当在处理员工辞退事宜时，注意维护公司的员工关系。透明、公正、尊重员工是维护员工关系的重要原则。

11. 案例分析：

   - 可以通过具体案例和实际情况的分析来更好地理解如何处理已提出辞职申请的违纪员工的情况，结合实际情况制定相应的解决方案。

最终，处理已提出辞职申请的违纪员工需要综合考虑法律规定、公司政策、员工权益等多方因素，并根据具体情况采取合适的措施。建议雇主在处理此类情况时谨慎行事，确保合法合规，并尽量减少法律风险和员工关系的不良影响。